关于琼花公主的死因，小说中有着明确记载：她是被陷害溺水身亡。故事发生在隋文帝时期，当时杨广尚为晋王，与权臣宇文述合谋夺取太子之位。为构陷太子杨勇，宇文述设计了一场精心策划的阴谋：在某春日，琼花公主应邀前往御花园太液池泛舟，宇文述之子宇文成都暗中安排特制小舟，趁公主不备破坏船身。同时，宇文述派人将伪造的太子杨勇情书藏于公主怀中，制造太子与公主私通的假象。
随着船只在湖心沉没，琼花公主不幸溺亡。当隋文帝得知爱女惨死，又发现所谓"情书"时，盛怒之下认定太子杨勇品行不端，最终废黜其太子之位。杨广借此机会顺利登上储君之位，为后来登基称帝铺平道路。琼花公主的死亡成为隋王朝权力更迭的重要导火索，也为小说后续隋末群雄四起的乱世埋下伏笔。
这一情节深刻展现了封建王朝中女性的悲剧命运：即便贵为公主，亦法摆脱政治漩涡的裹挟。琼花公主的形象虽着墨不多，却以其辜惨死的结局，成为《隋唐演义》中批判皇权斗争残酷性的经典象征。