学术领域，高梓淳以“跨学科方法论”著称。其博士论文《民国报刊中的文化认同建构1912-1937》首次运用文本挖掘技术分析近万份历史报刊，揭示了近代知识分子在中西文化碰撞中的身份焦虑。该成果2020年获“余英时史学奖”青年学者奖，并由商务印书馆出版，成为数字人文与历史学交叉研究的标杆性著作。
近年来，他主持国家社科基金青年项目“丝绸之路文化遗产数字库建设与研究”，带领团队成敦煌文书、西夏碑刻等12类文物的数字化建模，构建起包含30万条数据的开放式研究平台。该项目2022年入选“国家文化数字化战略优秀案例”，推动了传统历史研究与数字技术的深度融合。
教学方面，高梓淳主讲《数字人文导论》《近代中国社会变迁》等课程，创新采用“线上史料库+线下工作坊”模式，引导学生用数字工具读历史文献。他指导的本科生团队曾获“全国大学生创新创业大赛”金奖，相关教学案例被纳入教育部《新文科建设典型案例集》。
除学术研究外，高梓淳还担任《历史研究》编委、中国数字人文学会常务理事，在《中国社会科学》《近代史研究》等核心期刊发表论文30余篇，撰写的《大数据时代的历史研究转型》等引发学界广泛讨论。其提出的“文化记忆编码理论”为数字时代的历史传承提供了新的方法论视角。
在国际交流领域，他多次受邀赴牛津大学、东京大学等高校讲学，2021年与哈佛大学费正清研究中心合作开展“东亚文化数字化比较研究”，推动中国学术成果的国际化传播。