他的第一段婚姻始于2001年，对象是相识多年的张菁芳。两人因音乐结缘，张菁芳曾是唱片公司职员，比黄舒骏小14岁。这段婚姻维持了8年，2009年正式，关于离婚原因双方并未过多公开，仅以“彼此人生规划不同”为由低调处理。
2014年，黄舒骏与Sophia 登记结婚，开启第二段婚姻。Sophia是圈外人，从事金融行业，两人通过朋友介绍相识。婚后两人生活低调，2015年迎来女儿诞生，黄舒骏也逐渐将生活重心转向家庭，减少公开演出。这段婚姻至今仍在持续，夫妻二人偶尔在社交平台分享家庭日常，展现出稳定的感情状态。
黄舒骏在两段婚姻中始终保持对家人的保护，极少公开谈论私人生活细节。他曾在采访中表示，婚姻需要经营，不同阶段的情感体验也为其创作提供了灵感来源。