在学科建设方面，北京中医药大学拥有3个国家级重点学科和2个国家一级学科，其中中医学、中药学入选“双一流”建设学科名单。学校构建了“基础-临床-产业”一体化教学模式，推动经典理论与现代医学深度融合。临床教学依托附属东直门医院、东方医院等6所直属附属医院，形成覆盖内、外、妇、儿等领域的整诊疗体系。
科研创新是学校发展的核心引擎。学校建有国家中医临床研究基地和中医药防治重大疾病协同创新中心，在中药复方研究、针灸机理探索等领域取得突破。近年来，团队牵头成的“中医辨证论治体系的现代研究”等项目先后荣获国家科技进步奖，推动中医药基础理论的现代化阐释。
作为世界卫生组织传统医学合作中心，学校积极推动中医药走向国际。与海外高校合作建立的“中医药国际学院”已培养超万名留学生，编写的《中医基础理论》等教材被翻译成16种语言在全球发行。疫情期间，学校专家团队研发的“清肺排毒汤”被列入国际诊疗方案，为全球抗疫贡献中医智慧。
从编纂首部《中国医学百科全书·中医学》到主持制定中医药国家标准，从培养首批中医药博士到建立首个中医药国家重点实验室，北京中医药大学始终站在行业发展前沿。如今，这所承载着千年医药文明的学府正以“双一流”建设为契机，在守正创新中书写新时代的中医药华章。