这个划分并非空穴来风，主要基于以下几个关键原因：
* 剧情的承接与转折： 《精灵宝可梦 超级愿望》的前94集，主要围绕小智在合众地区的旅行、挑战道馆、收集徽章，以及与伙伴艾莉丝、天桐一同对抗等离子队的初期计划展开。故事节奏相对轻松，更多是在铺陈世界观和角色关系。而从第95集开始，剧情明显进入了一个新的阶段。小智等人离开了合众地区的主要城市圈，开始了更深入未知区域的探索，同时，与等离子队核心成员N的接触也逐渐增多，主线剧情的悬念和冲突开始密集铺陈，“N篇”的故事正式拉开帷幕。这使得第95集成为了一个天然的剧情分割点。
* 官方与粉丝社区的普遍认知： 虽然官方在最初播出时并未像某些动画那样明确标“第二季”，但在后续的资料整理、蓝光/DVD发行以及粉丝社区的讨论中，普遍将第95集作为《超级愿望》第二季的起点。这主要是因为从这一集开始，动画的OP片头曲和ED片尾曲通常会进行更换，视觉风格和叙事重心也有所调整，更侧重于小智与N的理念碰撞以及等离子队的最终阴谋。这种划分方式在宝可梦系列动画中也较为常见，即通过剧情重大转折和篇章主题变化来区分不同阶段。
* 动画标题的微妙变化： 在日本地区，《精灵宝可梦 超级愿望》在播出到第94集后，后续的集数有时会被冠以“ベストウイッシュ 2”Best Wishes 2或“Ｎ章”的副标题，这也从侧面印证了故事进入了新的篇章。虽然中文译名中可能未直接体现，但这种内部的划分是存在的。
因此，当我们谈论《神奇宝贝BW》第二季时，指的就是从第95集开始，直至《精灵宝可梦 超级愿望》全篇第142集的这部分内容。这部分剧情不仅延续了小智的合众地区冒险，更引入了深刻的哲学思考和极具魅力的反派角色N，为整个《超级愿望》系列画上了一个高潮迭起的句号。如果你想体验《BW》系列中更为紧张刺激、主题更为深刻的部分，那么从第95集开始观看，准没错！