故事发生在青藤中学，该校因建校历史悠久，一直流传着“旧教学楼闹鬼”的传说：午夜时分的音乐教室会传出人演奏的钢琴声，图书馆古籍区的书本会自行翻开，实验室的器材深夜莫名移位。这些现象让学生们惶惶不安，校方多次调查却毫头绪。凌风三人不信鬼神，决定深入调查，却意外发现一系列“闹鬼事件”背后藏着人为策划的痕迹。
调查过程中，线索逐渐指向十年前的一桩旧案：曾有位音乐老师在旧教学楼神秘失踪，此后关于“音乐教室女鬼”的传说便开始流传。小队成员通过破墙壁暗格、读褪色日记、还原现场声音等方式，发现所谓的“鬼影”实为有人利用光影折射和延时装置制造的假象，而幕后黑手竟是为失踪老师复仇的老校工。他因误当年的事件，试图通过制造恐慌逼出“真凶”，却不知自己早已偏离正义。
剧中，“两个半”侦探的互动充满笑点：凌风的理性分析常被赵雷的冲动打断，豆豆的“通灵仪式”总变成乌龙事件，但三人在关键时刻总能互补短板，用科学推理戳破迷信表象。故事不仅破了校园谜案，更探讨了青春成长中的误与和——老校工的执念、学生间的谣言传播、对未知的恐惧，最终都在真相大白后化为理与释然。
作为一部轻量级校园推理作品，《神探两个半之校园有鬼》以轻松幽默的基调包裹悬疑内核，既满足了推理爱好者的谜需求，又通过贴近校园生活的情节引发年轻观众共鸣，展现了“真相永远比传说更值得探寻”的核心主题。