剧情围绕鬼厉的三大任务展开：一是协助鬼王抓捕四灵血阵所需的“夔牛”“饕餮”等灵兽，二是调查当年草庙村惨案的真相，三是寻找复活碧瑶的方法。在此过程中，鬼厉与昔日同门重逢，陆雪琪始终坚信他未泯初心，多次试图唤醒其人性；林惊羽则视他为魔教妖人，两人被迫兵戎相见。
碧瑶复活之谜成为推动剧情的核心线索。鬼厉得知寒冰石室中的“合欢铃”尚存一丝魂魄，遂与魔教圣女金瓶儿、秦炎合作，深入十万大山寻找“玄火鉴”。然而，鬼王的野心逐渐暴露——他并非真心复活碧瑶，而是利用四灵血阵颠覆青云门，统治三界。鬼厉在得知真相后，与鬼王彻底决裂，却陷入“救碧瑶”与“护苍生”的两难抉择。高潮部分，正魔大战全面爆发。鬼王启动四灵血阵，青云门启用诛仙剑阵对抗。鬼厉在阵前目睹生灵涂炭，噬魂棍的戾气与诛仙古剑的正气引发体内正邪力量剧烈冲突。危急时刻，碧瑶残魂借助合欢铃力量现身，以“痴情咒”残影点拨他“苍生为重”，鬼厉最终放下执念，协助张小凡回归本体，与陆雪琪等人联手击碎血阵。
结局并未全圆满：鬼王被封印，碧瑶魂魄消散，张小凡离开青云门，独自浪迹江湖。陆雪琪在望月台默默守候，暗示两人未来仍有交集。剧中穿插了林惊羽、田灵儿等配角的成长线，正魔阵营的复杂人性刻画也为故事增添了深意。
整体而言，第二季通过张小凡的最终抉择，探讨了“正与邪”“情与义”的永恒命题，在延续仙侠虐恋风格的同时，强化了宿命感与人物弧光。