剧中，Laughing哥与姚可可的感情线以心碎结局收场。姚可可为保护Laughing哥销毁证据，最终因妨碍司法公正被判入狱。两人在法庭上隔窗相望的场景，成为全剧最催泪的片段之一。而黑社会头目跛Co在被捕后，试图用证人保护计划换取减刑，却被Laughing哥提前设计，最终身败名裂。
结局的最大反转在于Laughing哥在监狱中与神秘人物接头，暗示他的卧底任务并未。这一开放式处理为后续剧情埋下伏笔，也让观众对角色的真实命运产生限猜测。编剧通过“正义的代价”这一核心主题，展现了卧底警察在法律与情义间的挣扎，最终以牺牲个人自由的方式成对秩序的守护。
剧中其他角色的命运也各有归宿：警长巩家培因策划卧底行动面临内部调查，黑帮成员苏星柏跛Co的党羽被连根拔起，而一直默默支持Laughing哥的丁敏则选择离开警队，远赴海外重新开始。所有线索在最后一集交织，形成“尘埃落定却余波未平”的强烈戏剧张力。
这一大结局以现实与理想的碰撞引发观众深思：当法律框架法全覆盖灰色地带时，游走在边缘的正义是否值得被歌颂？Laughing哥的入狱既是对程序正义的妥协，也是对卧底群体牺牲的声致敬，这种矛盾性让《潜行狙击》的结局成为港式警匪剧的经典范例。