乌丸莲耶的真实身份在决战前被彻底揭开。这位被外界认为早已离世的富豪，通过APTX4869的早期版本维持着百年寿命，黑衣组织的所有行动皆围绕“生命延续计划”展开。琴酒作为核心执行者，手中掌握着组织遍布全球的秘密网络，而贝尔摩德的双重身份在此刻成为关键转折——她暗中向赤井秀一传递了乌丸的实时位置。
柯南与灰原哀在博士的实验室成了APTX4869的终极药。灰原哀选择保留“宫野志保”的记忆，却以“灰原哀”的身份继续留在帝丹小学，将唯一的永久药交给了柯南。当工藤新一的身影重新出现在警视厅众人面前时，目暮警官手中的案件卷宗突然散落——近千起悬案的凶手姓名，竟都指向黑衣组织的外围成员。
赤井秀一与安室透的联手成为破局关键。两人在造船厂的顶层展开对琴酒的围剿，赤井的狙击枪精准命中琴酒持有的引爆器，安室透的格斗术则瓦了伏特加的最后抵抗。当乌丸莲耶的藏身密室被打开时，这位世纪老人的眼中没有惊恐，只有对“时间”的执念——他手中紧握的，是工藤优作二十年前破的“黄昏别馆”暗号手稿。
毛利小五郎的沉睡终于。他从抽屉里取出早已写好的便签，上面歪歪扭扭地写着“柯南，你小子的推理比我还臭”，原来从柯南住进事务所的第一天起，他就通过麻醉针的痕迹与小兰的反常，拼凑出了真相。而小兰看着恢复真身的新一，指尖轻轻抚过他脸颊的疤痕——那是十年前纽约雨夜，她为他包扎的伤口。
黎明时分，东京湾的海面上漂浮着黑衣组织的标志残骸。工藤新一站在帝丹高中的樱花树下，校服口袋里装着小兰昨夜递来的情书。十七岁的风拂过，樱花落在两人相握的手上，少年侦探的故事了，但名为“工藤新一”的人生，才刚刚开始。