《隐少年》的结局，是一场关于“存在”的雨。
小元站在旧城区的楼顶上时，雨丝正斜斜割过天空。他手里攥着那部早已没电的手机——屏幕里还停留在最后一条发给阿杰的消息：“我找到你画的涂鸦了，就在咱们小学后面的墙上。”可阿杰的头像永远是灰色的，就像三年前他失踪那天的天空。
风卷着墙皮碎屑扑过来，小元伸手去摸墙上的涂鸦——那是阿杰当年用粉笔歪歪扭扭画的机器人，脑袋上顶着个破篮球。他的指尖穿过了粉色的机器人手臂，没有触感，像穿过一团雾。楼下的早餐铺飘来豆浆的香气，穿校服的孩子追着跑过，没人抬头看他一眼——不是他隐形了，是这世上所有关于“小元”的记忆，都已经散了。
电影的最后十分钟，把三年的寻找拆成了碎片：小元翻出妈妈藏在衣柜顶层的鞋盒，里面是三双小码的球鞋，鞋跟处都绣着“元”——可妈妈昨天才跟他说“你小时候从来没穿过球鞋，总光着脚跑”；他翻出小学毕业照，照片里阿杰站在他旁边，可班主任却盯着照片说“这孩子是谁？我们班从来没有叫阿杰的学生”；最后，他在医院的旧病历里找到一张诊断书，上面写着“患者林秀小元妈妈，幻视症，持续看见已故儿子‘小元’的幻影”——原来，小元才是那个“隐少年”。
他不是“真实的人”。他是妈妈对已故儿子的执念拼成的幻影，是班主任对“没救回来的学生”的愧疚捏出来的形象，是阿杰——不对，阿杰根本不存在，阿杰是小元自己对“没长大的自己”的幻想。他的名、他的生日、他的爱好，都是别人记忆里的碎片：妈妈说“小元爱吃番茄炒蛋”，其实是妈妈已故儿子的爱好；班主任说“小元数学考了满分”，其实是班主任当年没救回来的学生的分数；连他口袋里总装着的玻璃弹珠，都是楼下卖早点的阿婆孙子的——那孩子去年搬家了，阿婆早忘了弹珠的事。
结局的雨越下越大，小元的T恤慢慢变透明，像浸了水的纸。他摸了摸自己的脸，没有雨水的触感——因为他本来就没有“实体”，他是由别人的记忆碎片粘起来的“假人”。当妈妈昨天终于把那三双球鞋扔进垃圾桶，当班主任把毕业照里“不存在的阿杰”用马克笔涂掉，当阿婆再也想不起“总来买豆浆的小元”，他的“零件”就开始散了。
远处传来上课铃，小元转身看向楼底。穿校服的孩子里，有个男孩正蹲在墙角弹玻璃弹珠——那是阿杰的样子，或者说，是他自己小时候的样子。男孩抬起头，冲他笑了笑，手里的弹珠闪着光，像一滴没落下的眼泪。小元也笑了，他抬起脚，踩进雨里。路过的人看不见他，可他能听见自己的脚步声——不是踩在水泥地上的声音，是记忆碎片裂开的声音，像玻璃弹珠滚进下水道的脆响。
结局的最后一个镜头，是小元的影子在雨里慢慢淡去，像被橡皮擦过的铅笔印。可他的脸上没有悲伤，反而带着点释然——他终于明白，“隐少年”从来不是某个人，是所有没说出口的“想念”，是所有没成的“寻找”，是我们自己对“真实”的执念。他本来就是“隐”的，从一开始就不是“真实的存在”，他是妈妈的执念、班主任的愧疚、阿婆的记忆，揉成的一个“梦”。现在梦要醒了，他要回到那些碎片里去，回到妈妈的眼泪里，回到班主任的教案里，回到阿婆的豆浆香里。
雨还在下，楼顶上的涂鸦慢慢被冲刷掉，露出墙皮本来的灰色。风卷着一片枫叶飘过来，落在小元刚才站的地方——那是他书包里总夹着的枫叶，是阿杰“送”他的，其实是他自己从校门口的枫树上摘的。枫叶沾了雨，贴在墙上，像一滴凝固的血。
《隐少年》的结局，从来不是“小元消失了”。是小元终于看清了自己的样子：我们都是自己记忆里的“隐少年”，一边拼着别人的碎片活成“真实的人”，一边在寻找中慢慢散成碎片。当雨停的时候，小元会变成妈妈碗里的番茄炒蛋香，变成班主任教案里的红钢笔，变成阿婆豆浆杯上的热气——他没有“消失”，他只是回到了自己本来的位置：不是“某个人”，是所有想念的总和，是所有寻找的终点，是我们每个人心里，那个没长大的、还在弹玻璃弹珠的“隐少年”。
雨停了，楼顶上的涂鸦没了，可风里还飘着玻璃弹珠的脆响。远处的教室里，传来读书声：“我们都是寄居在记忆里的客人，一边来，一边走，一边记，一边忘。”
那是小元的声音，或者说，是我们每个人的声音。