如何用FlowJo分析Accuri C6数据
使用FlowJo分析Accuri C6流式细胞仪数据需遵循以下步骤：
首先进行数据导入。打开FlowJo软件后，通过“File”菜单选择“Import”导入Accuri C6生成的FCS格式文件，或直接将文件拖入软件界面。导入后数据会以列表形式显示，可通过右键创建新分组对样本进行归类管理，确保后续分析条理清晰。
接着进行数据质量控制。在 workspace 中选中样本，双击打开图形窗口，选择前向散射光FSC和侧向散射光SSC参数绘制散点图，通过设门工具如矩形或多边形门圈选活细胞群体，排除碎片和粘连体。可通过调节坐标轴对数或线性尺度优化散点图显示效果。
然后进行荧光补偿设置。选择包含单阳管样本的实验分组，通过“Compensation”功能调用自动补偿计算工具，软件会基于单阳管荧光信号强度生成补偿矩阵。如需手动调整，可在补偿面板中拖动滑块修正不同荧光通道间的溢出信号，确保补偿后各通道荧光数据准确。
之后进行特异性群体分析。根据实验设计选择目标荧光通道如FL1、FL2等，绘制双参数散点图如CD4-FITC vs CD8-PE，使用设门工具如十字门、椭圆门界定不同细胞亚群。对圈定的亚群可进一步设置嵌套门，分析其子群体特征。
定量分析方面，选中目标门，通过“Statistics”功能计算细胞数量、百分比等基础参数。在“Table Editor”中可自定义需显示的统计指标，生成包含多个样本的对比表格。通过“Graphs”功能选择柱状图或折线图，可视化不同样本间的群体比例差异。
对于荧光强度分析，在目标亚群门内创建直方图，选择特定荧光通道如CD45-APC，通过“Median”或“Mean”统计功能获取平均荧光强度MFI。可将多个样本的MFI值导出至表格，进行组间比较。
最后成结果导出。选中需保存的图形，通过“File”菜单选择“Export”，保存为PNG或TIFF格式图片。通过“Table Editor”导出统计数据为Excel或CSV文件，原始FCS数据可通过“Save As”功能备份。成所有分析后，保存Workspace文件.wsp以便后续编辑。
整个分析过程需意设门逻辑的一致性，确保不同样本间的分析标准统一。通过合理利用FlowJo的批处理功能，可同时对多个样本执行相同分析步骤，提高效率。