在《宝可梦：超级愿望》系列动画中，N·哈尔莫尼亚作为贯穿合众地区剧情的核心角色，其登场集数主要集中在系列中后期，与等离子队的阴谋及宝可梦与人类关系的探讨紧密相关。以下是其具体出场集数及关键情节：
第64集《神奇宝贝中心大对决！N超越纽拉！》是N的正式初登场。在吹寄市的神奇宝贝中心，他与小智、艾莉丝、天桐相遇，通过与纽拉的声交流展现“与宝可梦心灵相通”的能力，并提出“让宝可梦回归自然”的理念，引发小智等人的关。
第67集《吹寄道馆赛！皮卡丘对保姆虫！》中，N再次出现。他观看小智与道馆馆主亚堤的对战，赛后与小智交流对宝可梦对战的看法，其对“训练”本质的困惑为后续剧情埋下伏笔。
第89集《N的秘密…在雾的对岸！》揭开N的背景。他带领小智等人接近等离子队隐藏基地，透露自己是被捷克罗姆或雷希拉姆选中的“英雄”，以及对父亲盖奇斯“放宝可梦”计划的迷茫，角色形象逐渐立体。
第90集《等离子队的野心！被操纵的宝可梦！》中，N目睹等离子队用装置宝可梦，开始质疑盖奇斯理念的真实性，内心矛盾进一步激化。
第91集《大地的震动！洁咪与N！》里，N在旅途中救助受伤的洁咪，通过与洁咪的心灵沟通，坚定了“保护而非放”宝可梦的想法，与小智等人的信任加深。
第92集《Plasma队袭击！复活的仪式！》中，N卷入等离子队复活酋雷姆的阴谋，试图阻止盖奇斯却失败，被迫与小智一行人分离，剧情冲突升级。
第123集《合众联盟桧垣大会！小智对虎彻！》，合众联盟决赛期间，N短暂现身观战，目光中流露出对小智与皮卡丘羁绊的认可。
最终决战篇的第140集《宝可梦骑士！合众最后的决战！》、141集《疯狂的计划！N的城堡！》、142集《再见了合众！新的乘船之旅！》中，N彻底认清盖奇斯的野心，与小智联手对抗等离子队，在捷克罗姆或雷希拉姆助力下粉碎阴谋。故事，他选择独自踏上理宝可梦与人类关系的旅程，告别小智等人。
这些集数整呈现了N从迷茫到觉醒、从被动卷入到主动反抗的成长，也让《超级愿望》的剧情更具张力。