故事的核心围绕孔雀山庄少主秋凤梧展开。他化名“小武”行走江湖，与杀手高立结为兄弟。高立为救爱人刘星，卷入青龙会的阴谋，被顶尖杀手麻锋追杀，陷入绝境。为帮兄弟，秋凤梧违背孔雀山庄“非生死关头不得动用孔雀翎”的祖训，将镇庄之宝孔雀翎借给高立。
真正的反转从这里开始：所谓的“孔雀翎”，早已不是传说中那枚能瞬间毁灭一切的神器。 秋凤梧的父亲——孔雀山庄老庄主，早在多年前就已将孔雀翎遗失。秋凤梧交给高立的，不过是一枚精心伪造的信物。他赌的是江湖对孔雀翎的恐惧——只要高立亮出“孔雀翎”，敌人便会不战而退。高立带着假孔雀翎与麻锋对决。麻锋果然被“孔雀翎”的威名震慑，仓皇逃窜。高立虽暂时脱险，却也因此暴露了孔雀翎的“秘密”——江湖开始流传“孔雀翎重现”的消息，青龙会等势力对孔雀山庄虎视眈眈。
而更残酷的结局在于刘星的命运。刘星本是青龙会成员，为脱离组织才与高立亡命天涯。麻锋为报复高立，设下陷阱，刘星为替高立挡下毒箭，死在了爱人怀中。 高立失去挚爱，万念俱灰，最终选择退隐江湖，却永远活在失去刘星的痛苦里。
秋凤梧的结局则更为沉重。为保全孔雀山庄的百年声誉，也为彻底断绝江湖对孔雀翎的觊觎，他选择以“死亡”终结一切。 他对外宣称“小武”已在江湖中意外身亡，秋凤梧则以孔雀山庄少主的身份，继续守护着“孔雀翎已遗失”的秘密。从此，江湖再“小武”，只有背负着家族使命、孤独终老的孔雀山庄继承人。
《孔雀翎》的结局，没有武侠常见的圆满，只有现实的冰冷：神器的传说终究是幻影，承诺的代价是永恒的失去，而每个人都在命运的棋局里，走向了法回头的终点。