大蛇丸的“不死”源于他早年开发的不尸转生之术。这一禁忌忍术让他得以通过夺取他人身体作为容器，不断更换宿主延续生命。即便是在与宇智波佐助的对决中，他被佐助以“咒印反噬”吞噬，身体化为白磷大蛇消散，看似彻底死亡，实则只是失去了当前容器——他的意识早已通过咒印或实验体留存，为后续复苏埋下伏笔。
真正让大蛇丸“接近死亡”的，是与宇智波鼬的最终对决。鼬以万花筒写轮眼发动“十拳剑”，将大蛇丸的精神与肉体封印进“醉梦世界”，使其陷入永恒的幻术轮回。彼时，忍者世界普遍认为大蛇丸已被彻底抹杀。然而，被宇智波鼬的十拳剑封印于醉梦世界，却因不死特性在机缘下复苏——他通过分散在各地的实验体残片与咒印载体，逐渐拼凑意识，最终在兜的身体里苏醒，并借助药师兜的“仙术”成再生。
剧情后期，大蛇丸的立场发生微妙转变。第四次忍界大战中，他选择站在忍者联军一边，以秽土转生之术召唤历代火影，为对抗宇智波斑与辉夜提供了关键助力。战后，他放弃了曾经的统治欲，转而以“观察者”的身份隐居，专于科学研究与培育新的生命如巳月。博人传中，他以“巳月创造者”的身份登场，虽仍带着几分神秘与狡黠，却已不再是威胁世界的反派，而是以一种独特的方式“活着”。
究其根本，大蛇丸的结局源于他对“生命”的独特理——他以科技与忍术打破了生死界限，最终以“不死”的形态，成为忍者世界中一个游离于善恶之外的特殊存在。他没有“死亡”，只是以另一种方式，继续见证着忍者世界的变迁。