大蛇丸最初以“三忍”之一的身份登场，他因追求永生和禁忌忍术背叛木叶，试图夺取佐助的身体作为容器。为实现目标，他在佐助体内种下咒印，逐步侵蚀其精神与身体。随着佐助实力提升，尤其是在与鼬的战斗中觉醒万花筒写轮眼后，大蛇丸认为夺取身体的时机已到，试图强行占据佐助的意识。然而，当佐助的写轮眼进化到万花筒阶段，体内的咒印力量与大蛇丸的精神意志发生剧烈冲突：佐助凭借强大的意志和鼬留下的“十拳剑”残响，反向压制了大蛇丸的灵魂，将其彻底封印在自己体内的咒印空间中——这便是大蛇丸第一次被“杀死”的时刻。
但大蛇丸的“死亡”并未持续太久。在第四次忍界大战中，佐助为获取关于忍者世界的真相，通过药师兜的帮助，利用秽土转生之术将大蛇丸复活。复活后的大蛇丸不再执着于夺取身体，转而以观察者的身份参与战局，甚至协助忍者联军对抗宇智波斑和大筒木辉夜。战后，他隐居于木叶外围，继续研究忍术，偶尔指导新一代忍者，成为剧情中特殊的“存活者”。
大蛇丸被佐助反噬的“死亡”发生在《火影忍者》剧情中期动画约358集，漫画403话，但这并非真正的终结。他凭借独特的转生秘术和秽土转生的契机得以回归，最终以另一种方式“存活”于忍者世界。