动画首播初期1993-1994年的《ニンジャマンボ》《忍者曼波》是第一首片尾曲，由主角乱太郎、新兵卫、阿丸的声优松野太纪、小林由美子、佐藤智惠共同演唱。节奏轻快的曼波曲风搭配主角团的搞怪画面，让这首曲子迅速走红，成为早期动画的标志性配乐之一。
后续播出中，《ハッスル！ニンジャ乱太郎》《加油！忍者乱太郎》成为长期使用的片尾曲。该曲目旋律更具动感，贴合动画中主角们的冒险与训练场景，演唱者延续声优组合，凭借朗朗上口的歌词和明快节奏，在多个季度持续播出，积累了大量人气。
此外，动画特别篇与剧场版还推出过《乱太郎音头》，这首歌融入传统日式祭典风格，歌词简单易记，常搭配主角团的舞蹈画面，辨识度极高；还有《ニンジャのお仕事》《忍者的工作》、《元気がいっぱい》《充满活力》等曲目，从不同角度展现忍者学员的日常，风格温馨活泼。
这些片尾曲不仅与剧情紧密呼应，更成为《忍者乱太郎》不可或缺的组成部分。若需准确对应某一季的片尾曲，可结合播出时间或画面细节进一步确认，但其核心曲目早已成为不少观众对这部动画的深刻念想。