为查明真相并为导师复仇，绯脱离雾隐村，独自踏上追踪卷轴的旅程。途中，她遇到了三位关键人物：来自木叶村的叛忍隼，擅长风遁忍术，因质疑村子“忍者必须绝对服从”的教条而流亡；掌握医疗忍术的流浪巫女铃，其家族曾被卷入忍界大战，手中持有记载上古秘术的《万华镜》；以及神秘的暗部首领夜牙，他似乎对绯的绯瞳了如指掌，多次在危急时刻出手相助，真实身份却成谜。
随着调查深入，绯发现夺走卷轴的并非砂隐暗部，而是潜藏在忍界暗处的“晓影组织”。该组织由一群被各国驱逐的S级叛忍组成，企图利用禁术卷轴中的“秽土转生·改”复活战国时期的“血鬼君”，以颠覆现有的忍者秩序。绯的绯瞳在此过程中逐渐觉醒，不仅能看穿对手的查克拉流动，更能短暂预知未来——这种力量正是当年宇智波族被灭门的真正原因：其他忍村畏惧绯瞳的潜力，联手策划了屠杀。
故事高潮中，绯与隼、铃组成临时小队，潜入晓影组织的据点“回谷”。在与组织首领赤砂的决战中，绯的绯瞳全觉醒，以“绯神·须佐能乎”形态击碎了秽土转生的仪式，却也因查克拉过度透支陷入濒死。此时夜牙现身，揭示自己是青叶的孪生弟弟，多年来一直暗中保护绯。最终，绯在铃的救治下苏醒，选择将宇智波灭门真相公之于众，呼吁忍界放下仇恨，而她自己则带着《万华镜》，继续流浪于忍界，寻找真正的“忍者之道”。