故事高潮阶段，机械哥斯拉的突然失控成为转折点。这台由人类制造的终极武器失控后，对哥斯拉和金刚同时发起攻击。面对这一人造威胁，原本敌对的两大泰坦巨兽选择暂时放下争斗。金刚手持从地心世界获得的战斧，与哥斯拉形成联手之势，二者合力对抗机械哥斯拉。战斗中，金刚负责近距离物理攻击，哥斯拉则以原子吐息提供远程支援，最终在人类的协助下摧毁了机械哥斯拉的能量核心。
战斗后，哥斯拉与金刚之间的对峙以一种微妙的方式化。哥斯拉对金刚发出威慑性的低吼后返回大海，而金刚则带着战斧回到地心世界的家园。影片最后定格在两大怪兽各自回归领地的画面，暗示着它们将在不同领域维持自然界的平衡。
这一结局打破了传统怪兽片非胜即负的设定，以“没有真正赢家”的方式诠释了泰坦生物间的共存关系。哥斯拉继续保持地表之王的地位，金刚则成为地心世界的守护者，二者通过这次战斗确立了互不侵犯的默契。这种处理既满足了观众对战斗场面的期待，也为未来的故事发展留下了空间。