战斗初期，鸣人在妙木山掌握的仙术模式成为破局关键。面对畜生道召唤的通灵兽，他用仙术螺旋丸秒杀对手；面对修罗道的机械改造武器，他以仙人状态下的高速移动规避攻击，并以超大玉螺旋丸摧毁其躯体。然而佩恩六道的「共享视觉」能力让鸣人陷入被动，直到他利用仙术分身吸引火力，本体潜入木叶废墟，直扑天道佩恩。
决定性的转折在于鸣人的情报破。通过与深作仙人的配合，他发现六道中「天道」才是核心操控者，而其他五道均为傀儡。在卡卡西战死的刺激下，鸣人爆发九尾查克拉，用尾兽玉重创天道，但自身也因控制不住九尾险些暴走。此时，鸣人的父亲波风水门出现，帮助他重新封印九尾，并重申「保护村子」的意志。
最终决战中，鸣人以仙人模式+螺旋手里剑正面击溃天道佩恩。当他找到幕后操控者长门时，并未选择复仇，而是以「自来也的意志」和「忍者的意义」 说服对方。长门被鸣人的信念打动，发动「轮回天生之术」 复活了所有被佩恩杀死的人，自己则油尽灯枯而亡。这场战斗不仅瓦了佩恩六道的威胁，更让鸣人真正成为了木叶的英雄，诠释了「忍者」二字的真谛。