第三次忍界大战期间，琳与卡卡西在执行任务时遭遇雾隐村忍者的围攻。雾隐村为实施“尾兽兵器计划”，将三尾强行植入琳的体内，试图将她作为活体武器送回木叶，借尾兽之力摧毁整个村子。当卡卡西拼尽全力护送琳返回木叶时，琳已洞悉雾隐的阴谋——一旦自己踏入村子，三尾将不受地暴走，数辜村民将因此丧命。
在木叶村的入口处，面对追兵与体内三尾的双重威胁，琳做出了最终抉择。当卡卡西为保护她而释放雷切时，琳主动冲向那道蓝色电光，用自己的身体撞上了卡卡西的忍术。她的死亡，彻底断绝了雾隐村的计划，以自我牺牲的方式守护了木叶。
这一幕被恰好赶到的带土亲眼目睹。琳的死成为带土心中永远的痛，也让他彻底对忍者世界的“虚假和平”产生绝望，最终走向了颠覆忍界的道路。而卡卡西则背负着“杀死同伴”的愧疚，将琳的写轮眼作为永恒的纪念，从此戴上了护额，隐藏起那道承载着悲伤的伤疤。
琳的死亡，是忍界残酷法则下的悲剧缩影，她用生命诠释了“忍者”二中超越任务的守护意义，也为后续故事埋下了法磨灭的伏笔。