第一任妻子：黄宛林
焦恩俊与黄宛林的婚姻始于1994年，两人婚后育有两个女儿焦曼婷和焦宜蓁。这段婚姻维持了11年，2005年因双方性格及生活理念差异选择离婚。离婚后，焦恩俊为争取女儿抚养权曾公开表示“愿意放弃一切”，最终获得两个女儿的共同抚养权，此后他将更多精力放在照顾女儿和演艺事业上。第二任妻子：林千钰
焦恩俊与林千钰的缘分始于早年合作，两人曾因拍摄电视剧相识，后因各自生活轨迹分开。2014年，两人复合并公开恋情，2016年低调登记结婚。然而这段婚姻同样未能长久，2021年焦恩俊通过社交媒体宣布与林千钰离婚，称“缘分已尽，各生欢喜”，了五年的婚姻关系。焦恩俊的两段婚姻均未对外过多透露细节，他始终将家人隐私放在首位。如今，他专于陪伴女儿成长，偶尔通过社交媒体分享生活日常，感情状态则保持低调。