朱棣登基后，徐氏被册封为皇后。她虽身处后宫，却始终以“贤内助”身份辅佐朝政。她多次劝谏朱棣“恩礼宗室”“爱惜百姓”，并采辑《女诫》《内训》等书，结合历代贤后事迹，编撰《劝善书》颁行天下，以正后宫风气。 她还常与朱棣讨论国事，提出“南北风土不同，为政当顺民情”等见，被朱棣赞为“当代女诸葛”。
徐氏与朱棣的感情并非仅靠政治联姻维系，更源于深厚的相知相伴。 她为朱棣生下三子四女，其中长子朱高炽明仁宗、次子朱高煦均在靖难之役中立下战功。朱棣登基后虽妃嫔众多，但对徐氏始终敬重如一，后宫事务悉数交由她裁决，从未有过猜忌。 永乐五年1407年，徐皇后病逝，年仅四十六岁。朱棣悲痛欲绝，辍朝百日，追谥“仁孝文皇后”，并打破“帝后合葬”祖制，决定自己百年后也葬于长陵，与徐氏相伴。此后十七年，朱棣未再立后。 他将徐皇后的神位供奉于太庙，亲自撰写《仁孝皇后行状》，里行间满是对亡妻的思念。徐氏以智慧、胆识与贤德，成为朱棣戎马一生中最温暖的港湾。她不仅是皇后，更是他的知己与战友，这份感情超越了权力与岁月，成为明成祖时代最动人的一抹温情。