本科教育层面，南通大学是这座城市高等教育的核心。作为江苏省属重点建设高校，南通大学由原南通医学院、南通工学院、南通师范学院合并组建，拥有100余年办学历史。学校以医学、工学、师范为特色，开设96个本科专业，拥有5个博士后流动站、3个一级学科博士点，在临床医学、工程学等学科领域进入ESI全球前1%，是区域人才培养和科研创新的重要基地。
另一所本科院校是南通理工学院，作为江苏省首批民办本科高校，学校以工科为优势，聚焦智能制造、新能源汽车等产业需求，开设37个本科专业，形成了“产教融合、校企合作”的办学特色，为地方产业发展输送了大量应用型人才。
专科教育方面，7所院校各有侧重：江苏工程职业技术学院以纺织、服装、建筑等专业见长，是国家示范性高职院校；南通职业大学深耕装备制造、电子信息等领域，被誉为“南通工匠的摇篮”；江苏航运职业技术学院专于航海技术、轮机工程等专业，是全国紧缺型航海人才培养基地；南通师范高等专科学校则承担着基础教育师资培养任务，为南通及周边地区输送了大批中小学教师；此外，南通科技职业学院农业与生物技术、江苏商贸职业学院财经商贸、南通卫生高等职业技术学校护理、药学也各自依托行业优势，构建了特色鲜明的职业教育体系。
这些院校通过差异化发展，不仅为南通及长三角地区提供了多层次的人才支撑，也成为推动城市创新发展的重要力量。