随着调查深入，线索指向了宫中的长平公主王子文 饰。公主看似柔弱，体内却封印着一只足以吞噬天下的“祸蛇”。 这只上古妖物以欲望为食，一旦破体而出，便会带来灭世之灾。而封印祸蛇的关键，正是晴明的师父忠行汪铎 饰留下的结界。多年前，忠行与公主相爱，为护她周全，以自身修为布下结界，将祸蛇锁在公主体内，自己则化为“鹤守月”，永世守护在她身边。
晴明与博雅在一次次危机中逐渐放下偏见，生出超越生死的羁绊。 晴明用式神助博雅化险为夷，博雅则以血肉之躯为晴明挡下致命攻击。他们在探寻真相时发现，祸蛇的封印松动，竟与博雅的母亲有关——当年博雅母亲为守护京都，自愿化为“杀生石”，以魂魄之力加固结界，而如今杀生石碎裂，结界才出现裂痕。高潮之际，祸蛇冲破封印，巨大的蛇身盘旋于天都城上空，天地变色。为重新封印祸蛇，博雅选择继承母亲的使命，以自身为祭，化作新的杀生石。 晴明则在悲痛中觉醒，以“守护”为咒，召唤出最强式神，与鹤守月合力将祸蛇重新锁回公主体内。最终，博雅化作石像矗立在京都城外，晴明则带着他的遗愿，成为新一代守护苍生的阴阳师。
故事的内核，始终围绕“守护”二——忠行守护公主，母亲守护京都，博雅守护晴明与苍生。而晴明与博雅之间，从互相敌视到生死相托的羁绊，是这场奇幻冒险中最动人的底色。 当晴明望着城外的石像轻声说“此生悔，侍奉为荣”时，平安时代的风起云涌已落幕，只留下一段关于阴阳师与武士的传奇，在岁月中缓缓流传。