从地理坐标来看，学校处于芝罘区南部教育板块的中心位置，周边分布着多个成熟社区，包括富甲花园、山水龙城、黄务小区等。校门正对着青年南路，设有明显的"烟台三中南校"标识牌，校门西侧50米处设有公交站点，可乘坐9路、15路、27路、36路等多条公交线路直达。
学校周边配套设施善，向北800米可达黄务市场，向南1公里为烟台汽车南站，向东3公里是烟台南站高铁站。教育资源方面，周边3公里范围内有芝罘区实验幼儿园、黄务小学、烟台十四中等多所学校，形成了从学前到中学的整教育链条。
校区占地约60亩，建筑面积3.2万平方米，主体建筑包括教学楼、实验楼、体育馆和标准化操场。校园整体采用现代建筑风格，以红色和白色为主色调，在青年南路上形成了醒目的城市天际线。
对于自驾前往的访客，可通过青年南路直接抵达学校正门，校内设有150个停车位；非机动车可停靠在校门两侧的专用停车区域。校区周边道路宽敞，即使在上下学高峰期也能保持良好的通行秩序。
作为烟台三中的重要组成部分，南校区自2008年启用以来，逐渐形成了独具特色的办学风格，凭借优越的地理位置和优质的教育资源，成为芝罘区南部重要的教育地标。