朱允炆登基时年仅21岁，深受儒家思想熏陶，性情仁厚，渴望推行“仁政”。面对朱元璋晚年分封的藩王势力坐大问题，他采纳齐泰、黄子澄等文臣，着手削藩。起初，他先拿实力较弱的周王、齐王、湘王、代王、岷王开刀，或废为庶人，或逼其自焚，短时间内削弱了部分藩王力量。然而，当削藩矛头指向实力最强的燕王朱棣时，矛盾彻底激化。
建文元年1399年，朱棣以“清君侧、靖国难”为名，在北平起兵，史称“靖难之役”。这场叔侄间的权力战争持续三年，朱允炆虽拥有全国之力，却因用人失当、指挥不定，屡屡错失良机。建文四年1402年六月，燕军攻破南京，皇宫中燃起大火。混乱中，朱允炆的下落成谜——或说自焚于宫中，或说从密道逃亡，隐于民间，甚至有传言远渡海外。朱棣登基后，废除建文年号，称其在位四年为“洪武三十五年”，抹去了朱允炆的帝王痕迹。
尽管在位仅四年，朱允炆仍试图改变洪武朝的严苛政风，减免赋税、宽刑省狱，史载“建文新政”颇有仁君气象。但他在削藩策略上的急躁与优柔，最终导致政权崩塌。这四年，既是他理想与现实碰撞的短暂历程，也成为明朝初年权力更迭的关键节点，留下“建文悲歌”的千古之谜。