长江流域的中华鲟分布呈现明显的洄游特征。每年春季，性成熟的中华鲟会从东海进入长江口，逆江而上数千公里，历经数月抵达上游的产卵场。其产卵场主要集中在金沙江下游至长江宜宾江段，这一区域水流湍急、河床多砾石，为受精卵的孵化提供了适宜的环境。历史上，中华鲟的产卵场曾延伸至金沙江屏山段，但受水利工程等因素影响，目前主要产卵区域已退缩至葛洲坝下游的长江宜昌江段。
除繁殖期外，中华鲟在长江中下游的广阔水域中成生长发育。从长江口沿江西上，至湖北、湖南、江西等江段，均能发现它们的踪迹。这些区域水流较缓、饵料丰富，为幼鱼及亚成体中华鲟提供了良好的育肥条件。待幼鱼长至一定规格，便会顺江而下，返回东海海域生活，直至性成熟后再次洄游长江繁殖，形成“海淡水洄游”的独特生命循环。
尽管在珠江流域也曾有中华鲟分布的记录，但其数量极少，且未形成稳定的繁殖种群，因此长江流域是中华鲟唯一的主要分布区域。这一分布特点不仅与长江流域的水文特征、生态环境密切相关，也反映了中华鲟对栖息地的高度依赖。
作为长江生态系统的旗舰物种，中华鲟的分布状况直接反映了长江流域的生态健康。其在长江流域的存在，既是自然演化的结果，也是流域生态系统整性的重要标志。