医院抢救室外，晶晶焦急等待，却等来医生“抢救效”的消息。此时，已成为魂魄的于子朗出现在晶晶身边，他法被看见，只能默默看着爱人崩溃的模样。随后，镜头转到一年后，晶晶生下儿子“于家安”，带着孩子在海边散步，灵媒婆婆突然说：“子朗一直陪着你们呢。”晶晶望向空一人的沙滩，仿佛看到丈夫笑着挥手，画面停留在她含泪的微笑中。这个结局以“牺牲”和“永恒陪伴”收尾，虽遗憾却充满宿命感。
内地版：反转复活，一家团圆 为迎合内地观众对圆满结局的偏好，内地版结局在TVB原版基础上进行了调整。同样是追捕卓琪的场景，于子朗被撞后，剧情新增了“抢救成功”的反转：医生宣布“情况危急但仍有希望”，经过紧急手术，子朗奇迹般生还。康复后的于子朗保留了通灵能力，与晶晶举行了婚礼，不久后迎来儿子“于家安”的出生。剧中最后一幕，子朗抱着孩子，与晶晶、佩佩、正义郭政鸿饰等家人朋友围坐在一起，笑声回荡在房间里。这个版本删除了“魂魄”设定，用“医学奇迹”替代悲剧，将“遗憾”化为“圆满”，呼应了剧名中“灵精探”的轻松基调。
论是TVB版的悲情落幕，还是内地版的温馨团圆，《古灵精探》的结局都围绕“爱与守护”展开——于子朗对晶晶的深情、对家人的责任，始终是贯穿故事的核心。两种结局各有拥趸，却共同让这部剧成为观众心中的“意难平”与“心头好”。