一、校本部南岗校区
校本部位于哈尔滨市南岗区学府路194号，是学校的核心教学与行政管理中心。校区内集中了基础医学院、公共卫生学院、药学院等主要教学单位，拥有善的教学设施、图书馆、实验室及学生生活配套。作为办学历史最悠久的校区，这里承载着学校的主体教学任务，是本科及研究生理论教学和基础科研的核心基地。二、大庆校区
大庆校区地处大庆市高新技术产业开发区新阳路39号，是学校在大庆市设立的重要分校区。该校区以培养应用型医学人才为主，设有医学检验学院、护理学院、临床医学院大庆等教学单位，拥有独立的教学、实验及生活设施，为区域医疗卫生事业发展提供人才支持，是学校扩展办学空间、服务地方医疗教育的重要布局。三、附属第一医院院区
附属第一医院院区位于哈尔滨市南岗区邮政街23号，作为学校临床教学与科研的核心基地，集医疗、教学、科研于一体。院区承担临床医学专业学生的临床理论教学、见习及实习任务，拥有国家级重点学科和高水平科研平台，是学生接触临床实践、参与医学科研的重要场所。四、附属第二医院院区
附属第二医院院区地处哈尔滨市南岗区学府路246号，与校本部相邻，是学校重要的临床教学与特色专科基地。院区以心血管疾病、神经病学等学科为特色，配备先进的医疗设备和教学资源，为学生提供丰富的临床实践机会，同时承担多项国家级和省级科研项目。五、附属肿瘤医院院区
附属肿瘤医院院区位于哈尔滨市香坊区哈平路150号，是学校肿瘤医学教学与科研的专业基地。作为黑龙江省肿瘤防治中心，院区专于肿瘤学领域的临床教学、科研及诊疗服务，为肿瘤学专业学生提供专业化的实践平台，推动肿瘤防治领域的人才培养和技术创新。各校区通过明确的功能分工，形成了“理论教学—临床实践—科研创新”一体化的办学体系，为哈尔滨医科大学培养高素质医学人才奠定了坚实基础。