据《史记·孙子吴起列传》记载，孙武携兵法觐见吴王阖闾时，吴王为考验其治军能力，他训练后宫嫔妃。孙武将宫女分为两队，任命吴王的宠妃为队长，反复军纪："一令观敌之谋，视道路之便，知生死之地；二令听金鼓，视旌旗，以齐其耳目；三令举斧钺，以宣其刑赏。"每次下令均重复五次告诫，明确奖惩规则，此即"三令五申"的由来。
训练开始后，宫女们视军纪为儿戏，嬉笑不止。孙武当即表示："约束不明，申令不熟，将之罪也。"再度三令五申后，嫔妃仍带头违反军纪。孙武不顾吴王求情，按军法处斩两名宠妃队长。此后宫女们令行禁止，队列严整如正规军队。吴王虽心痛宠妃，但目睹孙武的治军才能，最终任命其为将军。
这一典故中，"三令"指军事训练中的三条核心指令，"五申"则是对指令的五次反复。孙武通过严厉执行军法，将"三令五申"的训诫落地生根，体现了"令行禁止，赏罚分明"的治军理念。如今，"三令五申"已成为汉语中形容多次命令和告诫的常用成语，多用于某项规定或的重要性。