一、南京站
作为南京历史最悠久的主客站之一，南京站位于玄武区龙蟠路111号，毗邻玄武湖与紫金山，地理位置优越。车站始建于1908年，经多次扩建后，现为普速列车与部分高铁列车的主要停靠点，日均发送旅客超10万人次。站内设6个站台10条线路，可通过地铁1号线、3号线直达市区各处，是连接长三角地区与华北、华中的重要门户。二、南京南站
亚洲规模最大的高铁站之一，南京南站地处雨花台区玉兰路98号，是京沪高铁、沪汉蓉高铁、宁杭高铁等国家级干线的交汇枢纽。车站总建筑面积约45.8万平方米，设15个站台28条线路，主要开行高速动车组列车，通达北京、上海、广州、成都等全国主要城市。地铁1号线、3号线、S1号线机场线、S3号线在此换乘，实现铁路与航空、城市交通的缝衔接。三、南京北站
为善江北地区交通布局而新建的综合枢纽，南京北站位于浦口区林场路，于2023年正式投入运营。车站衔接宁淮城际、北沿江高铁、宁启铁路等线路，主要服务江北新区及苏北、皖北地区，未来将成为南京联系长三角北翼的重要节点。目前已开通多条公交线路，并规划接入地铁3号线北延段，进一步强化江北与主城的交通联系。四、南京东站
以货运功能为主的铁路枢纽，南京东站坐落在栖霞区尧化街道，是华东地区最大的货运编组站之一。车站设32条线路，主要承担货物列车的体、编组及整车、零担货物的运输任务，日均办理货物列车超万辆，是南京及周边地区物资流通的核心节点，虽不办理客运业务，却对区域经济发展至关重要。此外，南京西站位于鼓楼区龙江路曾是沪宁铁路的重要站点，目前已停用并改造为铁路历史文化展览馆，成为记录南京铁路发展的城市地标。