- 毛利小五郎：毛利小五郎早已知道柯南身份，多年来配合演戏只为保护新一。结局中他正式退休，与妃英理补办婚礼，开设私家侦探培训学校。
- 灰原哀：选择以灰原哀身份继续科研工作，拒绝恢复宫野志保身份，在伦敦大学建立毒物研究实验室，致力于消除APTX4869的遗留危害。
- 怪盗基德：通过父亲留下的日记揭开自身身世，与柯南联手后销声匿迹，传闻在巴黎卢浮宫留下最后一封预告函。 新兰的未来 工藤新一在帝丹高中毕业典礼上公开身份，毛利兰在大本钟下接受工藤新一的求婚。两人决定远赴美国，新一进入FBI培训，小兰则在纽约艺术学院深造。故事，柯南的眼镜被陈列在米花博物馆，标签写着：“真相永远只有一个”。 未的伏笔 黑田兵卫的真实立场仍未明确，他在递给降谷零的神秘文件暗示组织残余势力的存在；世良真纯收到母亲赤井玛丽的短信，内容仅有“药已到手”四字，为后续故事留下悬念。
名侦探柯南大结局将如何揭晓？
《名侦探柯南》大结局：那些未之谜的最终答案
黑衣组织的覆灭
在东京米花町某废弃研究所，柯南与黑衣组织展开终极对决。黑衣组织首领乌丸莲耶的身份揭晓，其利用巨额财富构建的犯罪帝国彻底崩塌。赤井秀一与安室透联手对抗琴酒，水怜奈为保护灰原哀牺牲，临终前传递的关键情报成为制胜关键。最终，警方在柯南的引导下突袭组织据点，所有核心成员落网，APTX4869的秘密实验室被彻底摧毁。
工藤新一的回归
灰原哀研发出永久性毒剂，但阿笠博士研发的APTX4869毒剂存在副作用，柯南需在特定时间内成身体重构。在小兰的守护下，新一成功恢复高中生身份，但面临短暂失忆的后遗症。他在医院醒来时，床头放着小兰手写的案件笔记，两人的羁绊成为恢复记忆的钥匙。
关键人物的结局