起飞阶段：从天府机场的精准爬升
该航班通常于上午8:30左右从成都天府国际机场T2航站楼起飞。起飞后，飞机在空管引导下沿指定离场航线爬升，初始阶段保持航向东北，穿越成都市区东部空域，避开城市核心区。约10分钟后，爬升至3000米高度，转向正北方向，进入成渝地区空中走廊的主通道。此时，地面雷达可清晰追踪到其轨迹经过简阳、资阳上空，逐步脱离盆地地形的低空限制。
巡航阶段：跨越秦岭与华北平原的高空路径
达到巡航高度后，航班稳定在10600米约35000英尺，这一高度既能避开大部分天气干扰，也中远程航线的经济巡航标准。轨迹进入秦岭东段上空时，飞行路径沿山脉走向微调，从安康市空域穿过，避开秦岭主峰太白山的复杂气象区。
继续向东，航班进入陕西省空域，途经西安咸阳国际机场南部的空中交汇点，此时与多条进出西北的航线保持安全间隔。随后，轨迹转向东北，跨越黄河中游，进入山西省南部，空中可见运城、临汾等城市的轮廓。进入华北平原后，飞行路径逐渐平稳，经过石家庄正定国际机场上空时，高度开始缓慢下降，为进近北京大兴国际机场做准备。
下降阶段：融入北京终端区的精准进近
在距离大兴机场约150公里时，航班进入北京终端管制区，接受首都机场和大兴机场的联合空管引导。此时高度降至6000米，轨迹沿廊坊、固安一线调整航向，对准大兴机场01L跑道的进场航道。最后10分钟内，飞机持续下降高度，穿过云层，可见地面的北京新机场高速与航站楼轮廓。
约11:05左右，川航3U8993航班成着陆滑跑，停靠在大兴机场C区廊桥，全程轨迹覆盖约1700公里，空中飞行时间约2小时30分钟，整串联起西南盆地与华北平原的空中链路。
继续向东，航班进入陕西省空域，途经西安咸阳国际机场南部的空中交汇点，此时与多条进出西北的航线保持安全间隔。随后，轨迹转向东北，跨越黄河中游，进入山西省南部，空中可见运城、临汾等城市的轮廓。进入华北平原后，飞行路径逐渐平稳，经过石家庄正定国际机场上空时，高度开始缓慢下降，为进近北京大兴国际机场做准备。