入学第一天，凌曦便遭遇圣獣暴动事件：图书馆内，失控的「雷狼」冲破封印，她在危机中意外唤醒了沉睡的光翼独角兽，其圣洁光芒压制了暴动。这一事件引起学园长伊卡洛斯的意，他透露：圣獣学园的存在，是为了守护维系世界平衡的「星脉结晶」，而近年来结晶能量异常流失，背后暗藏暗影军团的觊觎。
核心剧情线围绕「星脉结晶保卫战」展开。凌曦与三位性格迥异的伙伴组成「守护者小队」：- 辰风：操控「焰狮」的 pyro 能力者，表面冷酷实则背负家族诅咒；
- 月音：能与植物沟通的「灵狐」召唤师，掌握古老的治愈秘术；
- 零：失去记忆的神秘少年，其契约圣獣「影豹」与暗影军团有着千丝万缕的联系。
随着任务深入，凌曦逐渐发现自己的「星核体质」竟是开星脉结晶之谜的关键。她的独角兽不仅能净化邪能，更承载着失落的「创世圣獣」记忆。暗影军团首领夜烬的真实身份浮出水面——他曾是百年前背叛学园的「堕天使圣獣使」，企图夺取结晶力量复活被封印的「混沌古龙」。
高潮段落发生在「月蚀之夜」：夜烬率领军团突袭学园，通过零的影豹打开异次元裂缝。守护者小队在圣獣圣殿展开终极对决：辰风以焰狮之力熔毁暗影结界，月音召唤「生命之树」修复结晶缺口，零则在影豹与记忆的挣扎中选择自我牺牲，暂时封印裂缝。而凌曦在独角兽引导下觉醒「创世形态」，以「星核净化」重创夜烬，但结晶却因能量过载出现裂痕。
结局以开放式收尾：夜烬虽败逃，却留下「混沌将至」的预言。凌曦与伙伴们意识到，圣獣学园的危机远未，而零消散前留下的神秘符文，暗示着下一场关乎多维宇宙存亡的战役即将打响。
全剧通过学园日常、圣獣试炼、身世揭秘等情节，交织出「成长」与「责任」的主题。每个角色的契约圣獣既是战斗伙伴，也是内心欲望的映射——正如学园长所言：「圣獣选择主人，实则是灵魂的自我救赎。」