与之矛盾的是《史记·吕不韦列传》的记载：“吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身。子楚从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之。吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬。姬自匿有身，至大期时，生子政。” 这里提出赵姬在献给嬴异人子楚前已怀有吕不韦的孩子，且“至大期”孕期满十月后生下嬴政。这一说法为后世文学创作提供了素材，但存在明显逻辑破绽。
从医学角度分析，“大期生子”的记载直接否定了“吕不韦私生子”说。古代对“大期”的释为十个月或十二个月，若赵姬婚前已有身孕，至大期分娩意味着孕期远超正常周期，这在医学上难以成立。秦代对于王室子嗣的血脉传承有严格的制度规范，从王子出生到继承王位需经过多重核查。若赵姬入宫前已孕，很难瞒过宫廷医官的检查。
后世争议的根源，与战国至汉初的政治环境密切相关。吕不韦“奇货可居”的政治投机行为，让后人容易联想到他可能通过控制秦王血脉来巩固权力。但根据《战国策》等史料，吕不韦在嬴异人继位后仅担任相国，并未表现出对王权的特殊控制欲。秦庄襄王在位三年，期间嬴政作为王子接受正规王室教育，其身份从未受到质疑。
西汉以后，“吕不韦私生子”说的传播与儒家对秦朝的批判态度有关。六国遗民对秦朝的怨恨，也可能通过编造“吕不韦私生子”的说法来动摇秦朝统治的合法性。这种将政治对手妖魔化的叙事策略，在历史上并不罕见。
综合现有史料与学术研究，秦始皇为秦庄襄王嬴异人之子的说法更为可信。《秦始皇本纪》作为记载秦始皇生平最权威的史料，其可信度远高于《吕不韦列传》中带有传奇色彩的叙述。秦代的户籍制度、宫廷礼仪以及医学常识，共同构成了否定“私生子说”的坚实证据。这一结论不仅历史逻辑，也得到了现代考古发现的间接印证。