“312锻炼法”及相关理论提出者祝总骧的相关内容，在科学角度存在诸多争议。从医学和运动科学的专业视角来看，其所谓“经络锻炼”的核心理论缺乏现代科学研究的实证支持，所谓通过特定锻炼“疏通经络”从而治疗多种疾病的说法，并未得到权威医疗机构或科研机构的认可。
现代医学疾病的发生发展有其生理病理机制，治疗需依靠循证医学证据支持的方法。而“312锻炼法”宣传中涉及的“包治百病”等夸大表述，违背了医学常识。事实上，任何声称能替代正规医疗、治愈多种疑难病症的锻炼方法或理论，都需要保持高度警惕。
从实际情况看，相关理论和方法曾被多地媒体及专业人士指出存在误导性，其科学性和有效性从未经过严格的临床试验验证。对于公众而言，健康问题应遵循医学指导，选择经过科学验证的锻炼方式和治疗手段，切勿轻信缺乏科学依据的虚假宣传，以免延误健康问题的正确处理。