《神秘岛》中，流落荒岛的人们最终命运如何？这座岛屿又隐藏着怎样的秘密？
在美国南北战争期间，五个北方人乘坐气球逃离里士满，却遭遇风暴被吹到南太平洋的一座荒岛。工程师赛勒斯·史密斯、记者吉丁·史佩莱、水手潘克洛夫、少年赫伯特和仆人纳布，在这片未知的土地上开始了艰难的生存挑战。他们没有工具，没有物资，却凭借智慧与协作，从赤手空拳到建立家园。赛勒斯利用科学知识制造陶器、冶铁、磨面粉，潘克洛夫凭借航海经验辨识方向，赫伯特则依靠丰富的植物学知识寻找食物和药材。他们将荒岛命名为“林肯岛”，在花岗岩峭壁下凿建住所，开垦土地种植作物，驯养野山羊，甚至造出了简易的风车和电报系统。
岛屿的神秘色彩在他们的探索中逐渐显露。他们发现铅弹、木箱、电缆等不属于荒岛的物品，更经历了数次“巧合”的救援：在暴风雨中被指引到安全洞穴，生病时神奇出现的药品，海盗船突然爆炸……这些法释的事件让众人疑窦丛生。随着勘探深入，他们在岛屿深处发现了一个被遗弃的 volcanic crater 湖泊，湖底竟藏着一座庞大的潜艇——“鹦鹉螺号”。原来这座岛屿的秘密守护者，正是《海底两万里》中尼摩船长。他因厌倦人类社会的争斗隐居于此，暗中观察并帮助落难者。
当火山爆发摧毁林肯岛时，尼摩船长临终前将遗产托付给他们，并指引他们找到隐藏的信标。最终，五人乘坐自制的船只被过往船只营救，带着对神秘岛的记忆返回文明世界。而沉没的岛屿与鹦鹉螺号，连同尼摩船长的秘密一同沉入海底，只留下一段关于勇气、智慧与奉献的传奇故事。