《主君的太阳》以能看见鬼魂的太恭实与唯一能让她获得片刻安宁的朱中元为核心展开。首集，太恭实因意外落水后获得阴阳眼，被鬼魂缠扰得生活崩溃，在商场偶遇冷漠的“主君”朱中元，发现靠近他时鬼魂便会消失。朱中元起初视其为疯子，却在她准确说出商场内的鬼魂纠纷后，开始半信半疑。
随着接触增多，朱中元发现太恭实能通过鬼魂获取关键信息，二人达成“契约”：她帮他决鬼魂引发的麻烦，他则提供“庇护”。第二至五集，太恭实相继协助决百货公司仓库女鬼、电梯幽灵等事件，朱中元虽嘴上刻薄，却逐渐依赖她的能力，甚至在她被鬼魂惊吓时下意识保护。与此同时，朱中元的前女友车喜珠失踪之谜浮现，太恭实偶然接触到与其相关的鬼魂，暗示案件另有隐情。
中期剧情中，太恭实帮助朱中元的下属决家庭鬼魂纠纷，二人关系在吵闹中升温。朱中元开始在意太恭实的安危，甚至在她被恶意报复时挺身而出。第十一集，车喜珠的鬼魂现身，揭露她当年因发现朱中元兄长的阴谋而被灭口，尸体被藏于朱中元名下的工地。朱中元在太恭实帮助下找到证据，将真凶绳之以法，却也因回忆起与车喜珠的过往，对太恭实产生复杂情绪。
后期，太恭实逐渐失去阴阳眼，以为能回归正常生活，却发现自己早已爱上朱中元。朱中元在她消失后才意识到内心感情，放下高傲展开追寻。最终，太恭实在危急时刻恢复能力，救下被困火场的朱中元，二人在经历生死后确认心意。结局，太恭实保留部分阴阳眼能力，与朱中元携手面对生活，既是彼此的“太阳”，也是相互的“主君”。