厦门眼科中心医院厦门大学附属厦门眼科中心的性质是公办医疗机构。作为厦门大学的附属医院，其建设与发展始终依托公立医疗体系框架，承担着区域眼科医疗、教学、科研及公共卫生服务等职能。
医院的公办属性体现在多个方面：首先，其与厦门大学的附属关系明确，属于高校直属的公立医院范畴，接受政府卫生部门的监管与指导；其次，医院纳入国家公立医院管理体系，执行公立医疗机构的收费标准和服务规范，承担医保定点服务、疑难眼病诊疗、基层眼科医疗支援等公益性任务；再者，医院的医疗资源配置、人才培养计划及学术研究方向均围绕公共卫生需求展开，例如开展防盲治盲项目、儿童青少年近视防控等公共卫生服务，体现了公立医院的社会责任。
作为区域眼科医疗高地，该医院同时具备高水平的临床诊疗能力和科研实力，其公办属性为医疗质量的稳定性和公益性提供了保障，也使其成为厦门及周边地区眼健康服务的重要依托力量。