在中央层面，房改办早期隶属于国务院住房制度改革领导小组，后来随着机构调整，相关职能逐步整合。目前，房改办的核心职责由住房和城乡建设部承担，具体工作由部内相关司局负责落实。
在地方层面，房改办的隶属关系存在差异：
- 省级政府中，房改办通常设立在住房和城乡建设厅内，作为内设机构或专项工作办公室。
- 地市级政府中，房改办多隶属于住房和城乡建设局，部分城市与住房保障中心、房产管理局合署办公。
- 区县一级，房改办职能多并入住建局或不动产登记中心，承担具体房改政策执行与历史遗留问题处理。
论隶属哪个部门，房改办的核心职能始终围绕住房制度改革展开，包括制定房改政策、推进公房出售、规范住房补贴发放、协调保障性住房建设等。随着我国住房市场发展，房改办职能逐步与住房保障、房地产市场监管等工作融合，但在机构序列中仍保持相对独立性。
需要意的是，部分地区已根据机构改革，将房改办与其他住房管理部门整合，但核心业务仍归属住房和城乡建设系统管理。