杨莲亭在剧中的存在感，几乎全依附于东方不败。他依仗东方不败的宠爱肆意妄为，对教中元老颐指气使，甚至插手教务决策。这种"狐假虎威"的做派，让他树敌数，却也让他错误地以为自己已手握不可撼动的权力。他收受贿赂、排除异己，将日月神教搅得乌烟瘴气，却从未意识到，自己不过是东方不败权力版图上一枚随时可弃的棋子。
随着任我行重出江湖，日月神教内部的权力平衡被彻底打破。任我行联合向问天、令狐冲等人反攻黑木崖，直指东方不败。此时的杨莲亭仍试图以"教主代言人"的身份发号施令，却发现昔日对他阿谀奉承的教众早已作鸟兽散。面对任我行的大军压境，他甚至想以东方不败为筹码谈判，暴露了其贪婪而短视的本性。
最终决战中，杨莲亭的结局充满了讽刺与悲凉。任我行深知他是东方不败的软肋，当众将其擒获，以此逼迫东方不败现身。为救杨莲亭，东方不败不惜放弃教主之位，与任我行展开生死对决。然而，在激战中，杨莲亭却因恐惧挣扎，意外干扰了东方不败的招式。任我行抓住破绽，挥剑将杨莲亭斩杀于黑木崖大殿。他的死，不仅成为东方不败心神大乱的导火索，也让这场权力闹剧以最狼狈的方式落幕。
杨莲亭的结局，本质上是对"依附权力者"的终极反噬。他渴望通过他人的力量掌控一切，却从未明白权力的本质——当依附的对象失去价值，自己亦会被弃如敝履。黑木崖的血雨腥风中，杨莲亭的尸体倒在冰冷的地面，成为《笑傲江湖》中又一个被权力吞噬的悲剧符号。