在综合排名中，复旦大学附属中山医院稳居榜首，其心血管病科以年手术量超万例、复杂冠心病诊疗技术领先全国，成为患者首选。该院肝外科同样跻身全国前三，肝移植技术与术后生存率保持国际先进水平。
复旦大学附属华山医院紧随其后，其神经内科连续十年蝉联全国第一，在脑血管病、癫痫等领域形成诊疗优势。医院皮肤科也以疑难重症诊治能力闻名，年门诊量突破120万人次。 上海交通大学医学院附属瑞金医院在内分泌科领域独占鳌头，糖尿病综合管理体系与甲状腺疾病诊疗技术国内领先。该院血液科同样实力雄厚，白血病缓率达国际先进水平。 上海交通大学医学院附属仁济医院的消化内科以胃肠疾病微创治疗为特色，年成内镜手术超3万例。医院风湿病科在系统性红斑狼疮等自身免疫病诊疗领域保持全国领先。 上海市第六人民医院的骨科为国家临床重点专科，尤其在断指再植、关节置换手术量和成功率上位居全球前列。其内分泌代谢科在糖尿病足病诊治领域形成独特优势。此外，复旦大学附属肿瘤医院的肿瘤科、上海交通大学医学院附属新华医院的儿科、上海市肺科医院的呼吸科等专科均入选全国前十，彰显上海医疗的全面实力。
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