火箭起飞后约10分钟，杨利伟感到身体开始剧烈震动。这种共振从低频逐渐转为高频，像有一只形的手在猛烈摇晃座舱，过载数值瞬间攀升。此时，火箭正穿越大气层的“黑障区”边缘，空气密度变化引发箭体结构振动，与座舱形成共振频率叠加。杨利伟回忆：“五脏六腑仿佛都要被震碎，视线开始模糊，耳边是刺耳的轰鸣。”
共振持续了约26秒，这段时间内，杨利伟凭借严格训练形成的条件反射，保持着标准姿势。他后来在报告中指出，共振峰值出现在38至42千米高度区间，此时火箭一二级助推器仍在工作，推力变化加剧了振动幅度。地面监测数据显示，座舱内振动频率达到8赫兹，接近人体内脏的共振频率，这是此前地面模拟试验中未全复现的极端情况。
随着火箭冲破音障，当飞行高度超过40千米后，外部气压急剧下降，箭体空气动力学特性改变，共振现象突然消失。杨利伟形容“就像从狂风巨浪的大海驶入平静湖面”，身体不适感迅速缓。事后分析表明，这一现象与火箭整流罩的气动载荷分布有关，后续神舟飞船通过改进整流罩设计和增加减振装置，彻底决了这一隐患。
此次40千米高空的共振考验，不仅验证了航天员的生理极限承受能力，更为中国载人航天工程提供了关键飞行数据。杨利伟在险情中保持的冷静判断，为后续任务积累了宝贵经验，成为中国航天人直面挑战、勇于突破的精神象征。