寺院建筑群依山而建，主殿“杜康大殿”内保存着大量明清时期的壁画与造像，其中坛城壁画以矿物颜料绘制，色彩历久弥新，展现了宁玛派独特的“敏珠林画派”艺术风格。殿内供奉的金刚萨埵金像高近10米，为西藏现存最大的鎏金铜像之一，其铸造工艺体现了当时藏族金属技艺的巅峰水平。
作为佛学院，敏珠林寺以“九乘教法”为核心教学内容，尤其重密法传承与伏藏典籍的研习。寺内保存有超过3万部古籍经卷，其中包括德达林巴发掘的《敏珠林伏藏》，涵盖宗教仪轨、医学、天文等多个领域，是研究藏传佛教文化的重要文献。僧侣需经过13年系统学习，通过“格西拉让巴”学位考试方可获得教学资格，其严格的学术体系在藏传佛教各教派中独树一帜。
每年藏历正月举行的“敏珠林羌姆”法会，以面具舞蹈演绎佛教故事，吸引着来自各地的信徒。法会期间展示的“立体坛城”由彩色细沙堆砌而成，制作过程耗时数月，成后随即销毁，象征“诸法常”的佛教哲理，这一仪式被列入国家级非物质文化遗产名录。
作为宁玛派的学术中心，敏珠林寺不仅培养了大量宗教人才，更在天文历算、藏医药等领域贡献卓著。寺内传统的“时轮金刚历算”至今仍指导着西藏农时与宗教节庆，而其研发的“敏珠林藏香”因独特配方和制作工艺，成为藏地香文化的代表。
如今，敏珠林寺依旧保持着每日诵经、辩经的传统，寺内300余名僧侣延续着“闻、思、修”并重的学修传统。这座融合宗教、文化与教育功能的千年古刹，既是宁玛派教义传承的圣地，也是西藏佛教教育体系的活化石。