在病因病机认识上，焦树德认为强直性脊柱炎属"尪痹"范畴，其病位在脊柱，与肾督二脉密切相关。他指出，肾虚督寒是发病之本，风寒湿邪侵袭是发病之标，瘀血痰浊是病情缠绵的关键因素。这种"本虚标实、虚实夹杂"的病理认识，为临床辨证提供了精准指导。
在治疗方法上，焦树德创立"补肾强督治尪汤"作为主方，以鹿角胶、续断、杜仲温补肾阳，狗脊、骨碎补强筋健骨，配以桂枝、独活温经散寒，羌活、防风祛风除湿。针对不同证型，他分期论治：急性发作期加重祛风散寒除湿药物，缓期侧重滋补肝肾、填精益髓，稳定期重活血通络、化痰散结。
临床实践中，焦树德重整体调节，常结合针灸、膏药外贴等外治疗法。他提出的"动静结合"康复理念，患者在药物治疗同时坚持脊柱功能锻炼，通过"仰首观天""扩胸运动"等导引术防止脊柱强直。其诊疗案例显示，多数患者经治疗后疼痛明显缓，脊柱活动度改善，血沉、C反应蛋白等指标恢复正常。
焦树德教授对强直性脊柱炎的中医诊疗体系，既继承了《黄帝内经》"肾主骨生髓"理论精髓，又创新发展了"督脉为病"的辨证思路，至今仍是中医风湿病领域的重要学术遗产。他的"辨证求本、守方缓图"治疗原则，为中医药干预慢性疑难病提供了宝贵经验。