行至苏州，逍遥为救被林家堡围困的灵儿，意外与林月如展开比武招亲。这位刁蛮却率真的富家千金，竟对逍遥一见倾心，自此加入队伍。三人结伴同行，从营救被蛇妖掳走的刘晋元，到揭穿扬州女飞贼的阴谋，一路打怪升级，情谊渐深。然而灵儿体内的女娲之力开始觉醒，她时而化身为蛇形，引来世人误，逍遥在“爱”与“惧”的挣扎中，逐渐明白灵儿背负的秘密——赵灵儿乃南诏国公主，身负女娲后人血脉，定要以苍生为己任。
蜀山之巅，剑圣独孤宇云误将灵儿视为妖物，将其镇压于锁妖塔。逍遥为救灵儿，与月如闯入塔中，历经重重考验。塔内，逍遥恢复了仙灵岛的记忆，终于正视对灵儿的爱；月如则默默守护，甘愿付出一切。当逍遥与灵儿重逢，锁妖塔却因魔气激荡开始崩塌，林月如为救李逍遥与赵灵儿，被落石砸中身亡，只留下一句“吃到老，玩到老”的约定，成为永恒的遗憾。
灵儿救出后，南诏国的危机接踵而至。拜月教主企图用水魔兽掀起洪水，毁灭人类以“净化世界”。此时灵儿已怀有身孕，却必须承担起女娲后人的使命。她与逍遥、阿奴南诏国圣女，后加入队伍一同对抗拜月，最终在南诏国祭坛，灵儿以自身血肉为祭，催动女娲之力封印水魔兽。洪水退去，苍生得救，灵儿却在光芒中消散，只留下逍遥抱着刚出生的女儿“忆如”，独自站在风雪弥漫的山巅。
从渔村少年到救世侠士，李逍遥的成长始终伴随着失去：失去婶婶的庇护，失去月如的陪伴，最终失去挚爱灵儿。《仙剑一》以“宿命”为核心，将爱情、友情与苍生大义交织，用一场场牺牲诠释“道”的重量。当片尾曲响起，那些欢笑与泪水、承诺与遗憾，早已刻入玩家心中，成为仙侠题材永恒的经典。