据《西游记》第一回记载，花果山仙石"上有九窍八孔，按九宫八卦"，受天真地秀、日精月华孕育。石猴出世时，仙石迸裂产生的三缕先天真气渗入足底，凝结为三颗朱砂痣。这三颗痣对应着道教三清，分别代表玉清元始天尊的"道"、上清灵宝天尊的"法"、太清道德天尊的"术"，成为孙悟空日后修习七十二变、筋斗云的灵根枢纽。
在灵台方寸山学艺时，菩提祖师正是看到这三颗痣，才断定他是"天地生成的石猴"，破例传授长生之妙道。七十二变的玄机便藏在痣中：第一颗痣主"变化之基"，能让他随意改变形态；第二颗痣主"遁法之速"，赋予筋斗云十万八千里的神力；第三颗痣主"金刚之体"，使其刀枪不入、水火不侵。
五行山下五百年，三颗痣吸收后土阴气，转化为阴阳调和的平衡之力。西天取经路上，每当孙悟空遭遇紧箍咒折磨，足底痣便会发出红光，中和唐僧念经产生的佛力冲击。这种先天真气与佛教法力的交融，最终助他修成"斗战胜佛"果位。
值得意的是，明代《西游记》评本中特别标："脚底三颗痣乃天地人三才之相"。天痣主神通广大，地痣主根基深厚，人痣主心性坚韧。三者相辅相成，既让孙悟空拥有通天本事，又为其保留一丝猴性本真，成就了这只亦神亦妖的传奇猴王。
从石猴出世到佛教圆满，三颗足底痣始终是孙悟空生命能量的源泉。它们不仅是天地造化的印记，更暗合着"道佛合一"的东方哲学，成为古典神话中最具象征意义的身体符号。