北京市政交通一卡通支持网上充值，这已是不少市民优先选择的便捷方式，需前往线下网点即可成资金入。
官方渠道中，“北京交通一卡通”官方APP是核心平台，iOS与安卓应用商店均可下载。册后绑定实体卡正面的10位卡号，进入“充值”页面选择金额，支持微信、支付宝支付。充值后需通过支持的设备成圈存，资金才会计入卡内。
第三方平台同样便捷。支付宝可在首页搜索“交通一卡通充值”，进入后选定“北京”，输入卡号即可操作；微信则在“支付-城市服务-交通出行-公交卡充值”中找到北京公交卡选项，按提示成充值。部分场景下，也可通过微信小程序“北京公交集团”成充值。
若手机支持NFC功能安卓多数机型、iOS部分机型需开启对应权限，贴卡充值更为快捷。在官方APP或支持的第三方应用中选择“NFC充值”，将一卡通贴在手机背面的NFC感应区，系统自动识别卡号后即可成支付，部分情况需手动输入信息。
需意的是，芯片卡网上充值后需成圈存才能使用。圈存可通过地铁站内的一卡通服务终端、公交场站的圈存机，或部分连锁便利店如物美、7-Eleven的自助设备操作，将卡片放在感应区按提示即可。
记名卡片如学生卡、老年卡、职工卡需先绑定本人身份信息，成官方实名认证后可参与网上充值；不记名卡需实名，直接输入卡号即可操作。