APG的核心目标是基于DNA序列分析和种系发生关系，取代传统依赖形态学特征的分类方法。传统分类系统如恩格勒系统、哈钦松系统常因形态趋同演化导致误判，而APG通过对比叶绿体基因、核基因等分子数据，更准确地揭示植物类群间的亲缘关系。
动态修订机制是APG的显著特点。随着分子生物学技术的进步，APG已先后发布APG I1998、APG II2003、APG III2009 和APG IV2016 四个版本。每次修订均整合最新研究成果，调整目、科的划分，例如将传统的木兰科、毛茛科等重新归类，确立了单子叶植物分支和真双子叶植物分支的核心地位。APG分类系统的核心特征包括：采用分支分类学原则，单系群即一个共同祖先及其所有后代；取消传统的“纲”级别，直接以“目”和“科”为主要分类单元；对部分争议类群采用未定位置处理，留待更多证据支持。这种灵活性使其更适应科学发现的动态变化。
在应用领域，APG系统已被全球主要植物标本馆、 botanical数据库如《Flora of China》及生态学研究广泛采用。它不仅为植物多样性保护提供了科学框架，也为农业、药学等领域的资源开发提供了分类依据。例如，通过APG系统可精准定位药用植物的进化地位，指导亲缘关系研究和活性成分筛选。
APG的出现标志着植物分类学从形态学向分子系统学的转型，其研究方法为其他生物类群的分类提供了借鉴。尽管仍存在部分类群的分类争议，但APG通过国际协作和数据共享，持续推动着被子植物系统发育研究的深入发展。