此后，金在中、朴有天、金俊秀三人于2010年以JYJ组合形式展开活动，而郑允浩、沈昌珉则继续保留"东方神起"名称，以二人组形式进行演艺活动。2009年7月31日这一时间点，标志着东方神起从五人组时期进入新的发展阶段，但组合名称并未被官方宣布散。
SM娱乐公司在2012年发布声明，确认郑允浩和沈昌珉为东方神起的正式成员，二人组体系由此确立。至今，东方神起郑允浩、沈昌珉仍以团体名义活跃于韩国及日本乐坛，发行专辑并举办演唱会，而JYJ也持续以三人组形式进行音乐活动。
东方神起从未有过官方宣布的散日期，2009年的成员合约纠纷导致团体活动形式发生变化，但"东方神起"这一品牌名称通过二人组的延续得以保留，形成了韩国演艺界中特殊的"同一组合双轨发展"现象。